Portugal situa-se numa zona de transição para ecossistemas mais quentes, o que se traduz numa elevada diversidade de pescado mas pouco abundância de cada espécie. Embora as subáreas dos Açores e da Madeira da Zona Económica Exclusiva possuam elevadas dimensões, apresentam reduzidas áreas de pesca com plataformas continentais pouco extensas, seguidas de elevadas profundidades e com algumas fragilidades a nível biológico. Estas características naturais traduzem-se numa menor riqueza piscícola relativamente às restantes zonas de pesca comunitárias.
Estes fatores determinam a abundância de pequenos pelágicos e uma diversidade específica considerável, cuja abundância é determinada pela batimetria, condições hidrológicas e natureza dos fundos, especialmente no que se refere às espécies demersais. Nas regiões insulares, face aos condicionalismos de ordem física e biológica, as capturas assentam num conjunto muito limitado de espécies, algumas delas sujeitas a fluxos migratórios (como por exemplo os tunídeos) ou cujo ciclo de vida não é ainda bem conhecido (peixe espada preto).
A frota nacional é composta, predominantemente, por embarcações de pequeno porte (cerca de 91% com comprimento de fora-a-fora inferior a 12 m) que operam com diversas artes como redes de emalhar e de tresmalho, armadilhas e artes de pesca à linha, na zona mais costeira e, normalmente, até às 6 milhas, este tipo de pesca designa-se por pesca polivalente. Os outros principais métodos de pesca usados são o arrasto, que captura carapau, pescada, tamboril, crustáceos e outros demersais, e o cerco, que pesca pequenos pelágicos.
Em águas interiores não-marítimas (rios, rias, lagoas sob jurisdição das Capitanias) são ainda relevantes algumas pescarias dirigidas a espécies migradoras como o sável, a lampreia ou a enguia. Nestas zonas, e também na orla costeira, são praticadas atividades de apanha de animais marinhos como o percebe, o mexilhão, as conquilhas, o berbigão e outros bivalves, tal como de pesca sem auxílio de embarcação (majoeiras, arrasto de cintura).
A nível nacional, o quadro legal regulamentador do exercício da pesca marítima e das culturas marinhas em águas sob soberania e jurisdição portuguesas, é regulamentado pelo Decreto-Lei n.º 73/2020, de 23 de setembro.